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转录组测序

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1、技术简介
    转录组技术,就是把转录组(包括mRNA 、miRNA、lncRNA、circular RNA )的序列用高通量测序技术测出来,它能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,目前已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。
2、技术优势
      无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测;
      可提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围;
      可对低起始量或完整度低的样品进行文库构建;
      个性化的生物信息解读和分析。
3、信息分析
    1.对原始数处理及Fastq文件的质控
    3.Fastq文件回贴到参考基因组
    4.基因表达量检测
    5.基因差异表达分析
    6.差异表达基因的表达模式聚类
    7.差异表达基因(GeneOntology功能富集分析
    8.差异表达基因(mRNA)KEGGPathway显著富集分析
4、 样本和周期
     a.动物细胞
        要求细胞数目≥1millon个,冻存前一定要加trizol,-80度冻存,干冰运输。
     b.动物组织
        要求组织质量为大于300mg,组织离体后要去除血管、脂肪、结缔组织等杂质。冻存前一定要加RNAlater,干冰运输。
     c.周期为30个工作日。
5、.经典案例
    RNA-Seq of Tumor-Educated Platelets Enables Blood-Based Pan-Cancer, Multiclass, andMolecular Pathway Cancer Diagnostics. Cancer Cell. 2015 Nov 9;28(5):666-676.
    来自阿姆斯特丹自由大学的Myron G在《Cancer cell》发表的一篇文章提出,基于肿瘤血小板(Tumor-educated blood platelets,TEPs)的RNA测序可用于泛癌症分析、癌症类型的区分和肿瘤基因突变诊断。

    结果表明,血小板的RNA测序可以区分癌症患者与健康人,其准确率达到96%,也能区分六种原发肿瘤类型,其准确度达到71%,并能识别几种肿瘤中发现的基因改变。领先于其他的液体活检,基于TEPs的RNA测序可以通过查明原发肿瘤的部位对癌症进行精确的诊断。
 

 

 


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