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Circle-seq

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1. 技术简介
    Circle-seq是运用测序手段研究染色体外环状DNA。迄今为止,在研究的许多真核生物物种中都能发现染色体外的DNA颗粒,包括酵母、果蝇、线虫、甚至是人。这之中,有部分被称为染色体外环状DNA (eccDNA),根据生物物理学方法和DNA测序,其被认为是环状的,通常小于1 kb,并且在光学显微镜下是看不见的,包括端粒环、多分散的小DNA元件、microDNA等。
 
2. 技术优势
    国内最先发布Circle-seq测试数据。
    广 技术使用范围广,适用于细胞、组织等样本。
    技术重复性好
 
3. 信息分析
    1.测序数据质量评估
    2. Circle-seq数据参考序列比对结果
    3.Circular DNA的鉴定
    4. Circle-seq数据可视化
    5. 鉴定Circular DNA的注释
    6. 差异Circular DNA分析
    7.结合位点靶基因 GO 功能富集分析
    8.结合位点靶基因KEGG PATHWAY富集分析
 
4. 样本和周期
    a. 细胞送样要求
      细胞数≥5*10^7个。
    b. 动物组织送样要求
      要求组织量≥300mg,-80℃冻存,干冰运输。
    c. DNA送样要求
      DNA量≥10ug。
    d. 周期
      45个工作日
 
5. 经典案例
    Nature亮点 | 吴思涵等首次解析肿瘤染色体外DNA的环状结构与功能
 
   Circular ecDNA promotes accessible chromatin andhigh oncogene expression. Nature 2019.
 
   2019年11月21日,Paul Mischel教授团队再一次在Nature杂志上发表了长文文章Circular ecDNA promotes accessible chromatin andhigh oncogene expression,首次解析了ecDNA的结构与功能。
 
 
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