核酸蛋白互作
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核酸蛋白互作

微量ChIP-seq(CUT&Tag)

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1、产品简介

    Chip (Chromatin Immunoprecipitation;染色体免疫沉淀)技术主要研究DNA与蛋白质的相互作用。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

    2、产品优势

: ChIP-Seq可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定;
:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点;
:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点; 

3、信息分析

    1. 对原始数据进行去除接头污染序列及低质量 reads 的处理
    2. 原始数据基本质量控制
    3. 原始数据参考基因组回帖
    4. ChIP-seq数据信号分布情况
    5. 富集位点的进化保守性分析
    6. 富集位点MOTIF分析
    7. 富集位点靶向基因筛选
    8. 靶向基因的KEGG Pathway富集分析
    9. 靶向基因的Gene ontology富集分析

4、送样和周期

    4.1样本要求
    细胞样本
        数目大于60。上海周边地区可以送贴壁或悬浮细胞,常温运输。动物组织
        质量大于10mg。组织需要新鲜,无血管无结缔组织等杂质。-80度冻存,干冰运输。 
    植物组织
        质量大于500mg,锡纸包裹,液氮冻存,干冰运输。
    4.2抗体要求
        每个样本每次IP反应需要抗体10ug,抗体的运输条件安装抗体的保存温度来进行。另外最好在我们的建议下购买最优的抗体。
    4.3周期
        40个工作日

5、经典案例

    Kaya-Okur HS, et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nature Communication, 2019.
    今年4月29日Henikoff实验室发表在国际知名学术期刊Nature Communication上关于CUT&Tag的技术,让细胞量从10,000个降到了60个甚至单个细胞,开创了ChIP-seq新革命。

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