单细胞测序
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单细胞测序

10xG scATAC-seq

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1、技术简介

    10x Genomics ATAC-seq 单细胞测序技术是单细胞依托10x Genomics平台核心的微流控技术,将序列标签区分群体中不同细胞的特征与ATAC-Seq技术相结合,从而为成千上万个单细胞构建染色质可接近性图谱。

2、信息分析

    1. 信息分析流程
    2. 质控分析
    3. 数据统计和分析 (Cell Ranger ATAC)
    4. peak注释
      4.1 peak相对TSS分布
      4.2 peak在功能区域上的分布
    5 功能富集分析
      5.1 GO功能富集
      5.2 KEGG通路富集
      5.3 Reactome富集分析

3. 样本要求

    单细胞核悬液-质检点:
      a. 细胞活性<5%(台盼蓝、荧光染料等)
      b. 无碎片和细胞团

      c. 显微镜下核形态完整,最后回收时,必须重悬于10x Diluted Nuclei Buffer(1X),不然影 响后续反应。

4. 经典案例

    Satpathy Ansuman T, Granja Jeffrey M, Yost Kathryn E., et al. Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion[J]. Nat. Biotechnol., 2019, 37: 925-936.
    近日,美国斯坦福大学研究团队与10x Genomics的科学家合作,在Nature Biotechnology杂志发表了名为Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion的文章。研究利用10x Genomics单细胞ATAC-seq技术,绘制来自血液、基底细胞癌组织的200,000多个单细胞的染色质可及性图谱。
 

研究团队将人GM12878和小鼠A20 B细胞细胞核样本混在一起上机,发现整套体系能维持较低的多细胞率(1159个细胞的情况下约1.04%)。此外,在稀有亚群的检出上,也表现良好。


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