表观转录组
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表观转录组

2'-O-RNA测序

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1. 产品简介
    在转录后的RNA修饰中,被称为表观转录组,其中2'-O-甲基化存在于转移RNA,核糖体RNA,小核RNA的特定残基以及哺乳动物细胞的mRNA的5'-cap。它有助于RNA稳定,并在先天免疫中发挥关键作用。
    2'-O-甲基化测序,该技术结合高通量测序技术和结合生物信息学分析,即可全基因组范围内对2'-O-me修饰的状况进行系统研究。
 
2. 产品优势
    灵敏度高:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现并研究转录组中稀有的甲基化修饰片段;
    检测范围广:覆盖整个转录组范围的所有甲基化区域
    数字化信号:直接对甲基化片段进行定量和测序,不存在传统芯片杂交的荧光模式带来的交叉反应和背景噪音问题
 
3. 信息分析
    1. 对原始数据进行去除接头污染序列及低质量 reads 的处理
    2. 原始数据基本质量控制
    3. 原始数据回帖到参考基因组
    4. 2'-O-me数据信号分布情况
    5. 富集位点的进化保守性分析
    6. 富集位点MOTIF分析
    7. 富集位点差异基因筛选
    8. 差异基因的KEGG Pathway富集分析
    9. 差异基因的Gene ontology富集分析
 
4. 送样和周期
    a. 细胞样本  
      数目大于100millin(1x108)。上海周边地区可以送贴壁或悬浮细胞,常温运输。其他地区需要用Trizol处理细胞,-80度冻存,干冰寄样。
    b. 动物组织
      >3g。组织需要新鲜,无血管无结缔组织等杂质。在冰上将组织样本切成小块,迅速放入RNAlater溶液,-80度冻存,干冰运输。  
    c. 植物组织
      >5g,锡纸包裹,液氮冻存,干冰运输。
    d.  周期
       40个工作日
 
5. 经典案例
    揭示HIV招募FTSJ3逃避宿主先天免疫识别机制
 
    Ringeard M, Marchand V, Decroly E, Motorin Y, Bennasser Y. FTSJ3 is an RNA 2'-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing. Nature 2019.
 
    法国蒙彼利埃大学Yamina Bennasser课题组在Nature发表题为FTSJ3 is an RNA 2′-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing研究,发现HIV感染宿主细胞后可经TRBP蛋白募集2’O-甲基转移酶FTSJ3对其基因组进行甲基化修饰,而在敲除FTSJ3的细胞中胞质产生的HIV病毒再次感染宿主细胞较野生型发生明显的IFN通路活化。
 
 
 
 

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