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m5C RNA测序

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1、产品简介

    5-甲基胞嘧啶(m5C),在RNA中广泛分布,早在上世纪70年代就已发现存在于mRNA上,但由于技术的局限性,一直没有得到充分研究。随着近些年技术的发展,m5C的研究开始得到越来越多的关注。
    m5C-RIP-Seq,该技术通过用m5C特异的抗体将含m5C修饰的mRNA从总mRNA中富集出来,再结合高通量测序技术和结合生物信息学分析,即可全基因组范围内对m5C修饰的状况进行系统研究。

2、产品优势

    灵敏度高:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现并研究转录组中稀有的甲基化修饰片段;
    检测范围广:覆盖整个转录组范围的所有甲基化区域
    分辨率高:能够在实际结合位点100-200bp碱基范围内精确定位
    数字化信号:直接对甲基化片段进行定量和测序,不存在传统芯片杂交的荧光模式带来的交叉反应和背景噪音问题

3、信息分析

    1. 对原始数据进行去除接头污染序列及低质量 reads 的处理
    2. 原始数据基本质量控制
    3. 原始数据回帖到参考基因组
    4. ac4C数据信号分布情况
    5. 富集位点的进化保守性分析
    6. 富集位点MOTIF分析
    7. 富集位点差异基因筛选
    8. 差异基因的KEGG Pathway富集分析
    9. 差异基因的Gene ontology富集分析

4、送样和周期

    a、细胞样本
        数目大于100millin(1x108)。上海周边地区可以送贴壁或悬浮细胞,常温运输。其他地区需要用Trizol处理细胞,-80度冻存,干冰寄样。
    b、动物组织
        >3g。组织需要新鲜,无血管无结缔组织等杂质。在冰上将组织样本切成小块,迅速放入RNAlater溶液,-80度冻存,干冰运输。 
    c、植物组织
        >5g,锡纸包裹,液氮冻存,干冰运输。。
    d.周期
         40个工作日

5、经典案例

    Cui X, Liang Z, Shen L, et al. 5-Methylcytosine RNA Methylation in Arabidopsis Thaliana.[J]. Molecular Plant, 2017, 10(11).
    在这项研究中通过m5C-RIP-seq技术研究了拟南芥中m5C RNA的全基因组特征。通过LC-MS/MS和Dot blot analyses发现在不同的组织和不同的发育时期,m5C mRNA呈现动态的变化。m5C-RIP-seq鉴定到拟南芥幼苗中4465个基因中6045个m5C peaks。m5C在编码序列中广泛存在,主要分布在临近起始密码之后和终止密码之前的两个区域,而且m5C与mRNA的低翻译活性相关。

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