表观遗传组
联系我们

固定电话:021-54660556

技术邮箱:tech@diatre.com

市场邮箱:market@diatre.com

地址:上海市闵行区恒南路399号茸锦科技园A座208

表观遗传组

全基因组甲基化测序

浏览量:

1.     技术简介
    WGBS全称Whole Genome Bisulfite Seuqneicng,即全基因组重亚硫酸盐测序。该方法通过Bisulfite处理,将原基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U的同时,保留所有甲基化C的碱基不发生转变,从而帮助科研人员识别发生甲基化的CpG位点。该种测序技术适用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。
 
2.技术优势
    精:单碱基分辨率,精确定位每一个C碱基的甲基化状态,是甲基化测序的金标准;
    全:借助高通量测序平台,对全基因组范围内甲基化区域进行研究,;
    准:直接对甲基化片段进行测序和定量,无交叉反应和背景噪音;全面分析不同处理对全基因组甲基化水平的影响,快速准确地找到差异甲基化区域
    省:相比传统方法,费用少
 
3.信息分析
    1.原始数据质控
    2. Bisulfite测序序列与参考基因组比对;
    3. 测序深度和覆盖度分析
    4. C碱基甲基化水平评估
    5. 全基因组甲基化水平分布趋势:
      1) 甲基化C碱基中CG的分布比例;
      2) CG中的所有C的甲基化水平;
      3) 各条染色体、不同基因区域和不同基因元件区域中CG中C的甲基化水平;
      5) 全基因组甲基化图谱:染色体水平的甲基化C碱基密度分布,不同基因组区域和转录元件中的DNA甲基化水平;
      6) 差异性甲基化区域分析(DMR)。 
 
4.样本与周期
    1).要求DNA样本 ≥5μg,样本浓度≥50ng/μl, OD260/280=1.8-2.0
    2).周期为60个工作日
 
5.经典案例
    Saturation analysis for whole-genome bisulfite sequencing data. Nat Biotechnol. 2016 Jun 27
    伦敦大学学院的研究小组验证了全基因组DNA甲基化测序技术,评估了甲基化的五个重要区域的识别覆盖效果:CpG岛、差异甲基化位点(DMPs)、差异甲基化区域(DMRs)、共甲基化位点(COMETs)和差异性甲基化COMETsDMCs),证实了该技术在鉴别样本和疾病亚型之间DNA甲基化差异方面的实用价值。
  • 上一篇:ATAC-seq
  • 下一篇:没有了

[打 印]   [关 闭]